近日，我校藥學(xué)與生命科學(xué)學(xué)院張化浩&張小谷教授團隊再次在國際重要學(xué)術(shù)刊物《Nature Communications》發(fā)表重要研究成果。該文章是九江學(xué)院再次以第一單位在該期刊發(fā)表論文，是水產(chǎn)研究團隊在Nature子刊等國際較高影響力期刊上發(fā)表高水平論文的又一個重要突破。
九江學(xué)院藥學(xué)與生命科學(xué)學(xué)院張化浩&張小谷教授團隊長期從事鯉科魚類資源保護﹑育種及開發(fā)工作。前期已構(gòu)建了長江上游特有的鯉科魚類黑尾近紅鲌的高質(zhì)量基因組圖譜（Zhang et al., 2020; Molecular Ecology Resources），發(fā)現(xiàn)輻鰭魚類是轉(zhuǎn)座子水平轉(zhuǎn)移的熱點區(qū)，暗示宿主譜系是驅(qū)動脊椎動物轉(zhuǎn)座子水平轉(zhuǎn)移的一個重要因素（Zhang et al., 2020; Nature Communications）。
此次研究成果由我校張化浩&張小谷教授團隊牽頭，聯(lián)合中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所、密西根大學(xué)、德克薩斯州立大學(xué)、周口師范學(xué)院、北京格致博雅生物科技有限公司、加利福尼亞大學(xué)伯克利分校、不列顛哥倫比亞大學(xué)、西南大學(xué)、馬克斯·普朗克植物育種研究所、九江市農(nóng)業(yè)科學(xué)院、湯普森研究所及維爾茨堡大學(xué)等10家單位，在國際重要學(xué)術(shù)刊物“Nature子刊”《Nature Communications》在線發(fā)表，研究成果為“Maternal dominance contributes to subgenome differentiation in allopolyploid fishes”，是我校水產(chǎn)研究團隊高水平論文的又一個重要突破。
團隊使用PacBio CCS技術(shù)對來自五個亞科的21種鯉科魚類基因組進行了測序，從頭組裝了它們的高質(zhì)量參考基因組。結(jié)合高通量染色體構(gòu)象捕獲（Hi-C）技術(shù)和特定的亞基因組標(biāo)記，解析了三次獨立多倍化事件產(chǎn)生的異源四倍體鯉科魚類的兩套亞基因組。確定了三個異源四倍體進化關(guān)系最近的二倍體祖先現(xiàn)存物種，研究了亞基因組之間的遺傳和表觀遺傳學(xué)差異，并得出結(jié)論，觀察到的亞基因組優(yōu)勢模式可能是由于每個多倍體中的母體優(yōu)勢和轉(zhuǎn)座子密度綜合作用的結(jié)果。同時發(fā)現(xiàn)，三個異源四倍體來次母本的亞基因組富含串聯(lián)重復(fù)基因，PFAM功能富集發(fā)現(xiàn)串聯(lián)重復(fù)基因主要與免疫功能相關(guān)。
九江學(xué)院藥學(xué)與生命科學(xué)學(xué)院張化浩及張小谷教授、西南大學(xué)韓民錦副教授、密西根大學(xué)Patrick P. Edger副教授及德克薩斯州立大學(xué)Manfred Schartl教授為共同通訊作者。
文章鏈接：https://www.nature.com/articles/s41467-023-43740-y
張化浩/文
責(zé)編：李金玲 沈樂怡 審核：張小谷 汪浩
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